I 1877 blev den første broderforening i Fredericia stiftet af 20 frimurerbrødre, der alle var optaget i Sankt Johanneslogen Maria til de tre Hjerter i Odense.
Den 19. januar 1898 fik logen status af instruktionsloge, men først i 1948 fik logen tilladelse til at bære navnet Fraternitas.
Den 24. september 1991 kunne logen efter to års ombygning indvie sin nye logebygning på Huslodsvej, og vejen var således banet for den arbejdende Sankt Johannesloge Fraternitas. Indvielsen fandt sted den 23. januar 1996, og den 19. januar 1998 kunne logen fejre sit 100-års jubilæum.